畜牧業廢水排放對環境的影響，一直是重要的環境議題。根據環境部統計，中南部河川有部分嚴重污染的測站，來自畜牧業排放的污染源高達九成。
環境部因此在 2017 年修訂「水污染防治措施及檢測申報管理辦法」第46-1 條，明定資源化目標比率，畜牧場大場（豬隻 2000 頭、牛 500 頭以上）應於 2022 年底和 2027 年底分別達到5% 和 10%；小場則應於 2025 年底和2029 年底前分別達成 5% 和 10%，希望改善畜牧廢水長期對河川的污染，推動畜牧糞尿資源化。
到今年 6 月，全國畜牧大場已全數達到 5% 的目標，不過小場還有約 3成、將近 1400 家未達標。台灣養豬產業青年聯盟理事長張佑誠對此表示，目前豬農的最大困難就是媒合的問題，由於農民對使用沼液、沼渣來灌溉農田的做法還不熟悉，沼液的去處成為大問題。
解決畜牧小場面臨的困難，並提高未來畜牧業的糞尿資源化比例，成為目前畜牧業的當務之急，《我們的島》將帶來更深入的報導。
